В Назарбаев Университете были обнаружены нецелевые расходы в размере 73 миллиардов тенге в ходе проведения государственного аудита автономной организации образования за период с 2017 по 2023 год. Однако в университете подчеркнули, что выявленные финансовые нарушения касаются в основном процедурных вопросов, связанных с начислением компенсации по проезду студентов и государственных стипендий, и не затрагивают академическую и научную деятельность учебного заведения.
Представители университета заявили, что в настоящее время ведется работа по исполнению рекомендаций, выданных Высшей аудиторской палатой Республики Казахстан. Утверждено, что на регулярной основе информация о реализации плана мероприятий будет представляться высшим органам управления университета.
В 2024 году Назарбаев Университет получил финансирование из республиканского бюджета в размере 50% и оставшуюся часть средств из эндаумент-фонда, спонсорских средств и предоставления образовательных и научно-исследовательских услуг.
Университет также пояснил, что закупки без проведения конкурсных процедур предусмотрены правилами, утвержденными высшими органами управления. Назарбаев Университет обещает работать над устранением выявленных недостатков, а также повышать качество своей деятельности. Планируется открытие новых образовательных программ, усиление набора платных студентов, реализация проекта по искусственному интеллекту и других научных проектов. Университет также намерен активно развивать инновационные научные проекты для коммерциализации и развития страны, сохраняя уровень качества в подготовке ученых и специалистов.