Создание национального парка «Бурабай» было результатом долгого и сложного процесса, начавшегося еще в 1898 году с создания казенного лесничества. Первые шаги по сохранению уникальных природных комплексов Бурабая были предприняты в 1915 году, когда гора Кокшетау, озеро Аулиекол (Боровое) и прилегающие местности были выделены как памятники природы.
В 1935 году была сделана первая попытка создать Государственный заповедник «Боровое». Заповедник был упразднен в 1952 году, но на его базе был создан Боровской лесхоз, который через несколько лет был реорганизован в Опытно-показательное лесоохотничье хозяйство «Золотой Бор». В 1997 году стало очевидно, что необходимо создать национальный парк, который бы объединил охрану природы с потребностями туристов. Решение о создании Государственного природного национального парка «Бурабай» было принято в 2000 году.
Организация нацпарка сталкивалась с рядом трудностей, включая разграничение земель, образование туристических маршрутов и введение платы за посещение особо охраняемых природных территорий. Кроме того, в этом году были установлены новые тарифы для въезда в нацпарк, что вызвало разные мнения среди жителей. Ветеран лесничества полагает, что введение платы необходимо для развития национального парка, подчеркивая важность сохранения природы для будущих поколений. Важной задачей является также уменьшение рекреационной нагрузки и жесткий контроль за состоянием природы.